Metodele de captare a conformației cromozomului (3C) măsoară frecvențele de contact ale ADN-ului pe baza ligării de proximitate nucleară, pentru a descoperi modelele de pliere genomică in vivo. 4C-seq este o metodă derivată 3C, concepută pentru a căuta în genom secvențe care intră în contact cu un sit genomic selectat de interes. 4C-seq utilizează PCR inversă și secvențierea de generație următoare pentru a amplifica, identifica și cuantifica fragmentele de ADN ligaturate de proximitate. Aceasta generează profiluri de contact de înaltă rezoluție pentru siturile genomice selectate pe baza unor cantități limitate de citiri de secvențiere. 4C-seq poate fi utilizat pentru a studia multiple aspecte ale organizării genomului. Acesta servește în primul rând la identificarea contactelor specifice de ADN cu rază lungă de acțiune între modulele individuale de ADN de reglementare, formând, de exemplu, bucle de cromatină de reglementare între potențiatori și promotori sau bucle arhitecturale de cromatină între limitele domeniilor asociate cohesinei și CTCF. În plus, profilurile de contact 4C-seq pot dezvălui contururile domeniilor de contact și pot identifica domeniile structurale care co-ocupă același compartiment nuclear. Aici, prezentăm un protocol îmbunătățit, pas cu pas, pentru pregătirea probelor și generarea bibliotecilor de secvențiere 4C-seq, inclusiv o strategie optimizată de PCR și de purificare a șabloanelor 4C. În plus, este furnizată o conductă de procesare a datelor care procesează citirile 4C-seq multiplexate direct din fișierele FASTQ și generează fișiere compatibile cu browserele standard de genom pentru vizualizarea și analiza statistică ulterioară a datelor, cum ar fi peak calling folosind peakC. Protocoalele și conducta prezentate ar trebui să permită cu ușurință oricui să genereze, să vizualizeze și să interpreteze propriile seturi de date de contact 4C de înaltă rezoluție.