Cum trebuie clasificat jurnalul a fost contestat. Inițial a fost prezentat și citit ca o lucrare de non-ficțiune, dar până în anii 1780 a fost acceptat statutul de ficțiune al lucrării. Dezbaterile au continuat cu privire la faptul dacă Defoe ar putea fi considerat autorul lucrării, mai degrabă decât un simplu editor al acesteia. Edward Wedlake Brayley scria în 1835 că Jurnalul nu este „în mod categoric, nu este o ficțiune, nu se bazează pe ficțiune… se face o mare nedreptate memoriei dacă o reprezintă astfel”. Brayley se străduiește să compare relatarea lui Defoe cu relatări de bună credință cunoscute, cum ar fi Loimologia doctorului Nathaniel Hodges (1672), jurnalul lui Samuel Pepys și Vocea teribilă a lui Dumnezeu în orașul afectat de ciumă și foc (1667) a lui Thomas Vincent, precum și cu surse primare. Această opinie a fost susținută și de Watson Nicholson – care scria în 1919 – care a argumentat că „nu există nicio afirmație din Jurnal, relevantă pentru istoria Marii Ciume din Londra, care să nu fi fost verificată” și, prin urmare, lucrarea poate fi considerată „istorie autentică”. Este, potrivit lui Nicholson, „o consemnare fidelă a faptelor istorice … așa a fost intenționat de către autorul său”. Cel puțin un critic literar modern, Frank Bastian, a fost de acord cu faptul că „detaliile inventate sunt … mici și neesențiale” și că Jurnalul „se apropie mai mult de ideea noastră de istorie decât de cea de ficțiune” și că „orice îndoieli care rămân dacă să o etichetăm „ficțiune” sau „istorie” provin din ambiguitățile inerente acestor cuvinte.”
Alți critici literari au susținut că lucrarea ar trebui să fie privită ca o operă de ficțiune imaginativă și, prin urmare, poate fi descrisă în mod justificat ca un „roman istoric”. Acest punct de vedere a fost susținut de Everett Zimmerman, care a scris că „Intensitatea concentrării asupra naratorului este cea care face ca Jurnalul unui an de ciumă să semene mai mult cu un roman decât cu… istoria”. Într-adevăr, folosirea de către Defoe a naratorului „H.F.” și prezentarea inițială a Jurnalului ca fiind amintirile unui martor ocular al ciumei reprezintă principalul punct de conflict pentru criticii care consideră că este mai degrabă o „poveste de dragoste” – „una dintre acele compoziții de o clasă aparte care plutește între romantism și istorie”, așa cum a fost descrisă de Sir Walter Scott – decât o relatare istorică. Walter George Bell, un istoric al ciumei, a remarcat că Defoe nu ar trebui să fie considerat un istoric, deoarece își folosește sursele în mod necritic.
Viziunea oarecum ambiguă a lui Scott cu privire la natura Jurnalului a fost împărtășită de primul biograf important al lui Defoe, Walter Wilson, care a scris în Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) despre acesta că ” a reușit să amestece atât de multe lucruri autentice cu invențiile propriului său creier, încât este imposibil să le distingi pe unele de altele; și a dat întregului o asemănare atât de mare cu originalul îngrozitor, încât îl confundă pe sceptic și îl învăluie în farmecele sale.” În opinia lui Wilson, opera este o „alianță între istorie și ficțiune”, în care una se transformă continuu în cealaltă și înapoi. Acest punct de vedere este împărtășit de John Richetti, care numește Jurnalul un tip de „pseudoistorie”, o „carte dens factuală, chiar grosolan de veridică” în care „imaginația … izbucnește ocazional și domină acele fapte.”
Aceste conceptualizări alternative ale Jurnalului – ca ficțiune, istorie sau istorie-cum-ficțiune – continuă să existe.