Microscopia electronică de baleiaj (SEM) a fost efectuată pe resturi orale de la șapte pacienți cu pemfigus vulgar și unul cu pemfigus vegetans, precum și pe probe de piele de la unul dintre cei cu pemfigus vulgar. Celulele necolorate, fixate și uscate în punct critic au fost identificate cu ajutorul unui microscop optic. Pe baza aspectului suprafeței, au fost identificate trei tipuri principale de celule acantolitice: cu suprafață netedă, încrețită și microviloasă. Celulele acantolitice erau rotunjite sau ovoidale, iar unele prezentau fie o umflătură centrală, fie o concavitate. Pe majoritatea suprafețelor celulare au fost observate găuri sau adâncituri mici, rotunjite până la ovoidale (cu diametrul de 0,1-0,3 mumol). Suprafețele celulelor acantolitice au fost ocazional ocupate de câteva microorganisme. Rozetele de leucocite polimorfonucleare neutrofile/acantolitice au fost studiate prin SEM. Nu a putut fi evidențiat niciun decalaj între celula acantolitică și leucocitele din jur. Se postulează că neutrofilele pot media citoliza celulelor acantolitice acoperite cu anticorpi. Au fost colectate resturi orale de la un pacient cu pemfigus vulgaris pentru microscopie electronică de transmisie (TEM). Celulele acantolitice erau rotunjite sau ovoidale și aveau, de obicei, nuclei plasați central. Tonofilamentele erau fie distribuite la întâmplare, fie dispuse concentric în jurul nucleului. În alte celule acantolitice exista un halou care conținea vezicule de diferite dimensiuni în jurul nucleului. Rezultatele TEM sugerează că celulele acantolitice reprezintă celule moarte sau muribunde. Atât constatările TEM, cât și SEM sugerează că, atunci când celulele acantolitice se separă pentru prima dată, acestea pot prezenta un număr variabil de microvilli, care sunt probabil pierdute în cazul celulelor acantolitice mai vechi.