Acariformele pot fi împărțite în două clade principale – Sarcoptiforme și Trombidiforme. În plus, un grup parafilitic care conține forme primitive, Endeostigmata, a fost considerat anterior, de asemenea, distinct. Acesta din urmă este compus din doar 10 familii de acarieni cu corp moale, minusculi și puțin studiați, care ingerează hrană solidă, cum ar fi ciuperci, alge și nevertebrate cu corp moale, cum ar fi nematode, rotifere și tardigrade. Aceste clade au fost considerate anterior subordonate, dar acest lucru nu permite o clasificare suficient de precisă a acarienilor și este eliminat în tratamentele mai moderne; Endeostigmata sunt considerate în diferite moduri ca formând un subordonat de sine stătător (viziunea veche) sau sunt incluse în principal în Sarcoptiformes, făcând astfel ca ambele grupuri să fie monofiletice.
Un alt grup adesea menționat este Actinedida, dar în tratamente precum cel actual, acesta este împărțit între Sarcoptiformes (și anterior Endeostigmata separat) și Trombidiformes (care conține cea mai mare parte din „Actinedida”), deoarece pare a fi un „taxon de gunoi” masiv parafilic, care reunește toate Acariformele care nu sunt Oribatida și Astigmatina „tipice”. Trombidiformele prezintă propriile lor probleme. Micul grup Sphaerolichida pare să fie cea mai veche linie genealogică dintre ele. Cu toate acestea, Prostigmata sunt subdivizate în diferite subdiviziuni: Anystina și Eleutherengona, precum și Eupodina. Delimitarea și interrelațiile dintre aceste grupuri sunt complet neclare; în timp ce majoritatea analizelor consideră că una dintre cele două din urmă, dar nu și cealaltă, este un subgrup al Anystina; niciuna dintre aceste ipoteze contradictorii nu este foarte solidă; este posibil să fie vorba de o simplă eroare, deoarece software-ul filogenetic nu reușește de obicei să gestioneze filogeniile nedichotomice. În consecință, ar putea fi cel mai bine deocamdată să considerăm că fiecare dintre cele trei linii principale de prostigmatani este la fel de distinctă de celelalte două.
.