Mutațiile în genele TRIP11, SLC26A2 și COL2A1 cauzează acondrogeneza de tip 1A, de tip 1B și, respectiv, de tip 2.
Cauza genetică a acondrogenezei de tip 1A a fost necunoscută până recent, când cercetătorii au descoperit că această afecțiune poate rezulta din mutații în gena TRIP11. Această genă furnizează instrucțiuni pentru producerea unei proteine numite GMAP-210. Această proteină joacă un rol critic în aparatul Golgi
, o structură celulară în care proteinele nou-produse sunt modificate astfel încât să își poată îndeplini funcțiile. Mutațiile în gena TRIP11 împiedică producerea de GMAP-210 funcțională, ceea ce modifică structura și funcția aparatului Golgi. Cercetătorii suspectează că celulele numite condrocite din scheletul în curs de dezvoltare ar putea fi cele mai sensibile la aceste modificări. Condrocitele dau naștere cartilajului, un țesut dur și flexibil care alcătuiește o mare parte a scheletului în timpul dezvoltării timpurii. Cea mai mare parte a cartilajului se transformă ulterior în os, cu excepția cartilajului care continuă să acopere și să protejeze capetele oaselor și care este prezent în nas și în urechile externe. Funcționarea defectuoasă a aparatului Golgi în condrocite stă probabil la baza problemelor de formare a oaselor în acondrogeneza de tip 1A.
Acondrogeneza de tip 1B este cea mai severă dintr-un spectru de tulburări ale scheletului cauzate de mutații în gena SLC26A2. Această genă furnizează instrucțiuni pentru producerea unei proteine care este esențială pentru dezvoltarea normală a cartilajului și pentru transformarea acestuia în os. Mutațiile în gena SLC26A2 cauzează problemele scheletice caracteristice acondrogenezei de tip 1B prin perturbarea structurii cartilajului în curs de dezvoltare, ceea ce împiedică formarea corectă a oaselor.
Acondrogeneza de tip 2 este una dintre cele câteva tulburări scheletice care rezultă din mutații în gena COL2A1. Această genă furnizează instrucțiuni pentru fabricarea unei proteine care formează colagenul de tip II. Acest tip de colagen se găsește mai ales în cartilaje și în gelul transparent care umple globul ocular (vitrosul). Este esențial pentru dezvoltarea normală a oaselor și a altor țesuturi conjunctive care formează cadrul de susținere al organismului. Mutațiile în gena COL2A1 interferează cu asamblarea moleculelor de colagen de tip II, ceea ce împiedică dezvoltarea corespunzătoare a oaselor și a altor țesuturi conjunctive
.