În comparație cu alte formate de anticorpi, cum ar fi IgG-urile, fragmentele Fab sau scFvs, domeniile VHH au multe proprietăți și avantaje unice.
În primul rând, cu numai trei bucle CDR și o tendință pentru secvențe CDR3 lungi, VHH-urile acoperă un spațiu epitopic diferit, dar care se suprapune, în comparație cu IgG-urile convenționale. În general, se pare că există o tendință de a se lega la epitopi conformaționali nativi, discontinui, mai degrabă decât la epitopi peptidici liniari. Excepție fac anti-Spot-Tag VHH și anti-Myc VHH de la ChromoTek, care recunosc tag-uri peptidice lineare mici, respectiv.
VHH-urile pot fi produse într-o varietate de sisteme de expresie diferite, de la bacterii, prin drojdie, la celule de mamifere. La fel ca IgG-urile convenționale, acestea pot fi marcate cu o varietate de coloranți (fluorescenți), biotină sau alte molecule mici. În plus, ele pot fi atașate covalent la suprafețe, cum ar fi bilele de agaroză sau alte matrici. De asemenea, este posibilă funcționalizarea dirijată la fața locului și atașarea stoichiometrică a etichetei.
Datorită dimensiunii lor mici (aprox. 12-15 kDa) și structurii cu un singur lanț, VHH-urile sunt potrivite pentru aplicații pentru care dimensiunea mare a IgG-urilor convenționale cu patru lanțuri peptidice (150 kDa) este dezavantajoasă, cum ar fi microscopia de super-rezoluție, penetrarea țesuturilor sau tehnicile bazate pe FRET și ECL.
Important, domeniile VHH sunt perfect potrivite pentru a genera formate de anticorpi bispecifici, fie prin fuziune genetică, fie prin conjugare cu alți anticorpi recombinanți. Din nou, dimensiunea lor mică, stabilitatea ridicată și buna lor capacitate de exprimare sunt avantajoase pentru generarea de molecule bispecifice sau chiar multispecifice.
În plus, și spre deosebire de IgG-urile complete, anumiți VHH pot fi exprimați genetic la nivel intracelular și se pot lega de proteinele lor țintă intracelulare respective. Atunci când sunt fuzionați cu proteine fluorescente, cum ar fi GFP sau RFP, acești sdAbs pot fi utilizați pentru vizualizarea intracelulară a structurilor țintă endogene in vivo. ChromoTek oferă o varietate de astfel de fuziuni VHH-FP, numite Chromobodies, de exemplu, pentru vizualizarea in vivo a actinei, PCNA, a Laminei nucleare și a altor structuri citoscheletice sau nucleare.
.