Bine ați venit!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Ce este AutoDock?
AutoDock este o suită de instrumente de andocare automată. Este conceput pentru a prezice modul în care moleculele mici, cum ar fi substraturile sau candidații la medicamente, se leagă de un receptor cu o structură 3D cunoscută.
Distribuțiile actuale ale AutoDock constau din două generații de software: AutoDock 4 și AutoDock Vina.
AutoDock 4 constă, de fapt, din două programe principale: autodock realizează andocarea ligandului la un set de grile care descriu proteina țintă; autogrid precalculează aceste grile.
În plus față de utilizarea lor pentru andocare, grilele de afinitate atomică pot fi vizualizate. Acest lucru poate ajuta, de exemplu, să ghideze chimiștii de sinteză organică în proiectarea unor lianți mai buni.
AutoDock Vina nu necesită alegerea tipurilor de atomi și precalcularea hărților de grile pentru aceștia. În schimb, calculează grilele în mod intern, pentru tipurile de atomi de care este nevoie, și face acest lucru practic instantaneu.
Am dezvoltat, de asemenea, o interfață grafică cu utilizatorul numită AutoDockTools, sau ADT pe scurt, care, printre altele, ajută la configurarea legăturilor care vor fi tratate ca fiind rotative în ligand și la analizarea dock-urilor.
AutoDock are aplicații în:
|
 |
AutoDock 4 este gratuit și este disponibil sub licența GNU General Public License. AutoDock Vina este disponibil sub licența Apache, permițând utilizarea și redistribuirea comercială și necomercială. Faceți clic pe fila „Downloads” (Descărcări). And Happy Docking!
Ce este AutoDock Vina?
AutoDock Vina este o nouă generație de software de andocare de la Molecular Graphics Lab. Acesta realizează îmbunătățiri semnificative în ceea ce privește acuratețea medie a predicțiilor modului de legare, fiind, în același timp, cu până la două ordine de mărime mai rapid decât AutoDock 4.1
Pentru că funcțiile de scor utilizate de AutoDock 4 și AutoDock Vina sunt diferite și inexacte, pentru orice problemă dată, oricare dintre programe poate oferi un rezultat mai bun.
Informații detaliate pot fi găsite pe site-ul web AutoDock Vina.
Ce este nou?
1 iunie 2009
AutoDock 4.2 este mai rapid decât versiunile anterioare și permite ca lanțurile laterale din macromoleculă să fie flexibile. Ca și înainte, andocarea rigidă este orbitor de rapidă, iar andocarea flexibilă de înaltă calitate poate fi realizată în aproximativ un minut. Până la 40.000 de andocare rigidă pot fi efectuate într-o zi pe un singur cpu.
AutoDock 4.2 are acum o funcție de scorare a energiei libere care se bazează pe o analiză de regresie liniară, pe câmpul de forță AMBER și pe un set și mai mare de complexe proteină-ligand diverse cu constante de inhibiție cunoscute decât am folosit în AutoDock 3.0. Cel mai bun model a fost validat încrucișat cu un set separat de complexe de protează HIV-1 și s-a confirmat că eroarea standard este de aproximativ 2,5 kcal/mol. Acest lucru este suficient pentru a discrimina între pistele cu constante de inhibiție milli-, micro- și nano-molare.
Puteți citi mai multe despre noile caracteristici din AutoDock 4.2 și despre cum să le folosiți în AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 is Free Software
7 mai 2007
Introducerea AutoDock 4 cuprinde trei îmbunătățiri majore:
- Rezultatele de andocare sunt mai precise și mai fiabile.
- Se poate modela opțional flexibilitatea în macromolecula țintă.
- Se permite utilizarea AutoDock în evaluarea interacțiunilor proteină-proteină.
AutoDock 4.0 nu numai că este mai rapid decât versiunile anterioare, dar permite flexibilitatea catenelor laterale din macromoleculă. Ca și înainte, andocarea rigidă este orbitor de rapidă, iar andocarea flexibilă de înaltă calitate poate fi realizată în aproximativ un minut. Până la 40.000 de andocare rigidă pot fi realizate într-o zi pe un singur cpu.
AutoDock 4.0 are acum o funcție de scorare a energiei libere care se bazează pe o analiză de regresie liniară, pe câmpul de forță AMBER și pe un set și mai mare de complexe proteină-ligand diverse cu constante de inhibiție cunoscute decât am folosit în AutoDock 3.0. Cel mai bun model a fost validat încrucișat cu un set separat de complexe de protează HIV-1 și s-a confirmat că eroarea standard este de aproximativ 2,5 kcal/mol. Acest lucru este suficient pentru a discrimina între pistele cu constante de inhibiție milli-, micro- și nano-molare.
Puteți citi mai multe detalii despre noile caracteristici în AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4.0 poate fi compilat pentru a profita de noile metode de căutare din biblioteca de optimizare, ACRO, dezvoltată de William E. Hart de la Sandia National Labs. Am adăugat, de asemenea, câteva caracteristici noi la metodele evolutive existente. Oferim în continuare metoda Monte Carlo de recoacere simulată (SA) din versiunea 2.4 și cele anterioare. Algoritmul genetic Lamarckian (Lamarckian Genetic Algorithm – LGA) este o mare îmbunătățire a algoritmului genetic, iar ambele metode genetice sunt mult mai eficiente și mai robuste decât SA.
Listă de corespondență și forum
Am creat o listă de corespondență și un forum pentru utilizatorii AutoDock. Aici găsiți mai multe informații despre lista AutoDock (ADL). URL-ul pentru forum este http://mgl.scripps.edu/forum.
Ce este AutoDockTools (ADT)?
Am dezvoltat și continuăm să îmbunătățim front-end-ul nostru grafic pentru AutoDock și AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Acesta rulează pe Linux, Mac OS X, SGI IRIX și Microsoft Windows. Avem, de asemenea, noi tutoriale, împreună cu fișierele de exemplu care le însoțesc.
Unde este folosit AutoDock?
AutoDock a fost distribuit acum la peste 29000 de utilizatori din întreaga lume. Este utilizat în mediul academic, guvernamental, non-profit și comercial. În ianuarie 2011, o căutare în ISI Citation Index a arătat că peste 2700 de publicații au citat documentele primare ale metodelor AutoDock.
AutoDock este acum distribuit sub licența open source GPL și este disponibil gratuit pentru a fi folosit de toată lumea. Din cauza restricțiilor de încorporare a software-ului cu licență GPL în alte coduri în scopul redistribuirii, unele companii ar putea dori să licențieze AutoDock sub un acord de licență separat – pe care îl putem aranja. Pentru mai multe informații, vă rugăm să îl contactați pe Prof. Arthur J. Olson la + 1 (858) 784-2526.
De ce să folosim AutoDock?
AutoDock a fost utilizat pe scară largă și există multe exemple de aplicare cu succes a acestuia în literatura de specialitate (a se vedea References); în 2006, AutoDock a fost cel mai citat software de andocare. Este foarte rapid, oferă predicții de înaltă calitate ale conformațiilor ligandului și corelații bune între constantele de inhibiție prezise și cele experimentale. AutoDock s-a dovedit a fi util, de asemenea, în cazul docking-ului orb, în care nu se cunoaște locația situsului de legare. În plus, AutoDock este un software gratuit, iar versiunea 4 este distribuită sub Licența Publică Generală GNU; este, de asemenea, ușor de obținut.
Executați-vă proiectul de cercetare AutoDock pe World Community Grid!
Executați cercetarea dumneavoastră pe AutoDock? Dacă da, ați putea fi eligibil să beneficiați de puterea de calcul gratuită a World Community Grid pentru a vă accelera cercetarea. AutoDock a fost deja „grid-enabled” de către echipa tehnică a World Community Grid și rulează pe World Community Grid cu următoarele proiecte:
- Proiectul FightAIDS@Home de la The Scripps Research Institute.
- Proiectul Discover Dengue Drugs – Together de la The University of Texas Medical Branch.
- Ajutați la combaterea cancerului infantil
- Căutați medicamente antivirale pentru gripă
- Luptați împotriva malariei
Vă rugăm să analizați criteriile pentru proiectele de cercetare ale World Community Grid și să contactați World Community Grid dacă aveți o idee pentru o propunere de proiect sau dacă aveți întrebări.