Copiii cu această tulburare par normali la naștere, dar de obicei dezvoltă semne și simptome în primul an de viață sau în copilăria timpurie. Trăsăturile caracteristice ale acestei afecțiuni, care pot varia de la ușoară la amenințătoare de viață, includ dificultăți de hrănire, episoade recurente de vărsături și diaree, oboseală excesivă (letargie) și tonus muscular slab (hipotonie). Dacă nu este tratată, această afecțiune poate duce la întârzieri în dezvoltare, convulsii și comă. Depistarea precoce și gestionarea pe tot parcursul vieții (urmând o dietă săracă în proteine și folosind suplimente adecvate) pot preveni multe dintre aceste complicații. În unele cazuri, persoanele cu mutații genetice care cauzează deficitul de 3-metilcrotonil-CoA carboxilază nu prezintă niciodată semne sau simptome ale tulburării.
Funcțiile caracteristice ale acestei afecțiuni sunt similare cu cele ale sindromului Reye, o tulburare severă care se dezvoltă la copii în timp ce aceștia par să se recupereze în urma unor infecții virale cum ar fi varicela sau gripa. Majoritatea cazurilor de sindrom Reye sunt asociate cu utilizarea de aspirină în timpul acestor infecții virale.
.