Inițierea abortivă este un proces normal de transcripție și are loc atât in vitro, cât și in vivo. După fiecare etapă de adiție de nucleotide în transcripția inițială, ARN polimeraza, în mod stocastic, poate continua pe calea spre evadarea promotorului (inițiere productivă) sau poate elibera produsul ARN și poate reveni la complexul ARN polimeraza-promoter deschis (inițiere abortivă). În acest stadiu incipient al transcripției, ARN-polimeraza intră într-o fază în care disocierea complexului de transcripție concurează energetic cu procesul de elongație. Ciclicitatea abortivă nu este cauzată de o legătură puternică între complexul de inițiere și promotor.
Scrunching ADNEdit
Timp de mulți ani, mecanismul prin care RNA polimeraza se deplasează de-a lungul șirului de ADN în timpul inițierii abortive a rămas evaziv. Se observase că ARN polimeraza nu scăpa de promotor în timpul inițierii transcripției, astfel încât nu se știa cum putea enzima să citească șirul de ADN pentru a-l transcrie fără a se deplasa în aval. În ultimul deceniu, studiile au scos la iveală faptul că inițierea abortivă implică scrunching-ul ADN-ului, în care ARN polimeraza rămâne staționară în timp ce se derulează și trage ADN-ul din aval în complexul de transcripție pentru a trece nucleotidele prin situsul activ al polimerazei, transcriind astfel ADN-ul fără a se mișca. Acest lucru face ca ADN-ul derulat să se acumuleze în interiorul enzimei, de unde și denumirea de „scrunching” al ADN-ului. În cazul unei inițieri eșuate, ARN polimeraza reîntoarce și ejectează porțiunea din aval a ADN-ului derulat, eliberând ARN-ul și revenind la complexul deschis ARN polimerază-promoter; în schimb, în cazul unei inițieri productive, ARN polimeraza reîntoarce și ejectează porțiunea din amonte a ADN-ului derulat, rupând interacțiunile ARN polimerază-promoter, scăpând de promotor și formând un complex de alungire a transcripției.
O lucrare din 2006 care a demonstrat implicarea scrunching-ului ADN în transcrierea inițială a propus ideea că stresul suferit în timpul scrunching-ului ADN furnizează forța motrice atât pentru inițierea abortivă, cât și pentru inițierea productivă. O lucrare însoțitoare publicată în același an a confirmat faptul că scrunching-ul detectabil al ADN-ului are loc în 80% din ciclurile de transcripție și, de fapt, se estimează că este de 100%, având în vedere limitarea capacității de a detecta scrunching-ul rapid (20% din scrunching-uri au o durată mai mică de 1 secundă).
O lucrare din 2016 a arătat că scrunching-ul ADN-ului are loc, de asemenea, înainte de sinteza ARN-ului în timpul selecției situsului de pornire a transcripției.
.