Antoine Hennepin s-a născut la Ath, în Țările de Jos spaniole (actualul Hainaut, Belgia). În 1659, în timp ce locuia în orașul Béthune, acesta a fost capturat de armata lui Ludovic al XIV-lea al Franței. Henri Joulet, care l-a însoțit pe Hennepin și a scris propriul jurnal al călătoriilor lor, l-a numit pe Hennepin un flamand (originar din Flandra), deși Ath era și este încă o zonă de limbă romanică aflată în actuala Valonia. Folosirea de către Joulet a termenului „flamand” aici denotă o lipsă de înțelegere sau de generalizare a acestui demnonim, care era comun la acea vreme.
Hennepin s-a alăturat franciscanilor și a predicat în Halles (Belgia) și în Artois. Apoi a fost pus în fruntea unui spital din Maestricht. De asemenea, a fost pentru scurt timp capelan al armatei.
La cererea lui Ludovic al XIV-lea, Récollets a trimis patru misionari în Noua Franță în mai 1675, inclusiv Hennepin, însoțit de René Robert Cavelier, Sieur de la Salle. În 1676, Hennepin a mers la misiunea indiană de la Fort Frontenac, iar de acolo la Mohawk.
În 1678, Hennepin a primit ordin de la superiorul său provincial să îl însoțească pe La Salle într-o expediție de explorare a părții de vest a Noii Franțe. Hennepin a plecat în 1679 cu La Salle din Quebec City pentru a construi barca de 45 de tone Le Griffon, a naviga prin Marile Lacuri și a explora vestul necunoscut.
Hennepin a fost alături de La Salle la construcția Fortului Crevecoeur (lângă actualul Peoria, Illinois) în ianuarie 1680. În februarie, La Salle l-a trimis pe Hennepin și alte două persoane ca avangardă pentru a căuta râul Mississippi. Grupul a urmat râul Illinois până la joncțiunea acestuia cu Mississippi. La scurt timp după aceea, Hennepin a fost capturat de un grup de război Sioux și a fost dus pentru o vreme în ceea ce este acum statul Minnesota.
În septembrie 1680, datorită lui Daniel Greysolon, Sieur Du Lhut, Hennepin și ceilalți au primit canoe și li s-a permis să plece, în cele din urmă întorcându-se la Quebec. Hennepin s-a întors în Franța și nu i s-a permis niciodată, prin ordinul său, să se întoarcă în America de Nord. Istoricii locali îl creditează pe călugărul franciscan Récollet ca fiind primul european care a pășit la țărm pe locul actualului Hannibal, Missouri.
Două mari cascade au fost aduse în atenția lumii de Hennepin: Cascada Niagara, cu cel mai voluminos debit dintre toate cele din America de Nord, și Cascada Saint Anthony din ceea ce este acum Minneapolis, singura cascadă naturală de pe râul Mississippi. În 1683, el a publicat o carte despre Cascada Niagara intitulată A New Discovery (O nouă descoperire). Pictorul regionalist Thomas Hart Benton a creat o pictură murală, „Părintele Hennepin la Cascada Niagara”, pentru New York Power Authority din Lewiston, New York.
.