Muḥammad ʿAlī și succesorii săi
În iulie 1820 Muḥammad ʿAlī, vicerege al Egiptului sub Imperiul Otoman, a trimis o armată sub comanda fiului său Ismāʿīl pentru a cuceri Sudanul. Muḥammad ʿAli era interesat de aurul și sclavii pe care Sudanul îi putea oferi și dorea să controleze vastul hinterland de la sud de Egipt. Până în 1821, Funj și sultanul din Darfur s-au predat, iar Sudanul nilotic din Nubia până la poalele Etiopiei și de la râul Atbara până în Darfur a devenit parte a imperiului în expansiune al lui Muḥammad ʿAlī.
Colectarea impozitelor sub regimul lui Muḥammad ʿAlī se ridica la o confiscare virtuală a aurului, a animalelor și a sclavilor, iar opoziția față de domnia sa a devenit intensă, izbucnind în cele din urmă într-o rebeliune și în asasinarea lui Ismāʿīl și a gărzii sale de corp. Însă rebelilor le-a lipsit conducerea și coordonarea, iar revolta lor a fost suprimată cu brutalitate. O ostilitate mohorâtă din partea sudanezilor a fost întâmpinată de o represiune continuă până la numirea lui ʿAlī Khūrshīd Āghā ca guvernator general în 1826. Administrația sa a marcat o nouă eră în relațiile egipteano-sudaneze. El a redus taxele și s-a consultat cu sudanezii prin intermediul respectatului lider sudanez ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. S-au acordat scrisori de amnistie fugarilor. A fost pus în aplicare un sistem de impozitare mai echitabil, iar sprijinul clasei puternice a bărbaților sfinți și a șeicilor (șefi de triburi) pentru administrație a fost obținut prin scutirea acestora de impozite. Dar ʿAlī Khūrshīd nu s-a mulțumit doar să readucă Sudanul la starea sa anterioară. Sub inițiativa sa, rutele comerciale au fost protejate și extinse, Khartoum a fost dezvoltat ca capitală administrativă și au fost întreprinse o serie de îmbunătățiri agricole și tehnice. Când s-a retras la Cairo în 1838, a lăsat în urma sa o țară prosperă și mulțumită.
Succesorul său, Aḥmad Pașa Abū Widān, a continuat politicile sale, cu doar câteva excepții, și a făcut din eradicarea corupției oficiale principala sa preocupare. Abū Widān s-a ocupat fără milă de infractori sau de cei care încercau să zădărnicească planurile sale de reorganizare a fiscalității. Îi plăcea în mod deosebit armata, care a beneficiat de plata regulată și de condiții tolerabile, în schimbul suportării greutații expansiunii și consolidării administrației egiptene în Kassalā și printre arabii Baqqārah din sudul Kordofanului. Muḥammad ʿAlī, bănuindu-l pe Abū Widān de lipsă de loialitate, l-a rechemat la Cairo în toamna anului 1843, dar acesta a murit în mod misterios, mulți au crezut că din cauza otrăvirii, înainte de a părăsi Sudanul.
În următoarele două decenii, țara a stagnat din cauza guvernării ineficiente de la Khartoum și a ezitărilor din partea viceregilor de la Cairo. Dacă succesorii lui Abū Widān posedau talent administrativ, rareori au fost capabili să îl demonstreze. Niciun guvernator general nu a deținut funcția suficient de mult timp pentru a introduce propriile planuri, cu atât mai puțin pentru a le duce mai departe pe cele ale predecesorului său. Planurile noi nu au fost niciodată începute, iar proiectele vechi au fost lăsate să lâncezească. În lipsa unei direcții, armata și birocrația au devenit demoralizate și indiferente, în timp ce sudanezii au devenit nemulțumiți de guvern. În 1856, viceregele Saʿīd Pașa a vizitat Sudanul și, șocat de ceea ce a văzut, a luat în considerare posibilitatea de a-l abandona cu totul. În schimb, a desființat funcția de guvernator general și a făcut ca fiecare provincie sudaneză să raporteze direct autorității viceregale din Cairo. Această stare de lucruri a persistat până la moartea lui Saʿīd în 1863.
În timpul acestor decenii liniștite, totuși, au început două evoluții amenințătoare care au prevestit probleme viitoare. Reacționând la presiunea exercitată de puterile occidentale, în special de Marea Britanie, guvernatorului general al Sudanului i s-a ordonat să oprească comerțul cu sclavi. Dar nici măcar viceregele însuși nu a putut învinge obiceiurile consacrate cu o singură lovitură de pix și cu ridicarea câtorva posturi de poliție. Dacă restricționarea comerțului cu sclavi a stârnit rezistență în rândul sudanezilor, numirea de funcționari creștini în administrație și extinderea comunității creștine europene în Sudan a provocat resentimente deschise. Negustorii europeni, majoritatea de origine mediteraneană, erau fie ignorați, fie tolerați de către sudanezi și își limitau contactele la compatrioții din cadrul propriei comunități și la funcționarii turco-egipteni, ale căror maniere și îmbrăcăminte le adoptau frecvent. Aceștia au devenit un grup puternic și influent, a cărui contribuție de durată pentru Sudan a fost aceea de a prelua conducerea în deschiderea Nilului Alb și a Sudanului de Sud pentru navigație și comerț după ce Muḥammad ʿAlī a abolit monopolurile comerciale de stat în Sudan în 1838, sub presiunea puterilor europene.
.