Vankilan olosuhteet olivat järkyttävät. Se oli likaisella lattialla, täynnä täitä, pimeä, synkkä ja haisi tupakalle ja lannalle. Kesällä oli kuuma ja talvella kylmä. Rautakiskot peittivät ikkunat. Pyrkiessään estämään syytettyjen haamuja lentämästä vapaana ja ahdistelemasta kärsiviä, vankilanvartijat käyttivät kahleita tuomittujen – myös nuorten, vanhojen ja sairaiden – pitämiseen. Vangituilta veloitettiin huone ja ruoka (noin kaksi shillinkiä ja kuusi penniä viikossa) sekä maksu kahleista. On epävarmaa, oliko maan alla sijaitsevia sellejä; ”vankityrmällä” tarkoitettiin todennäköisesti ensimmäisen kerroksen päähuonetta.
Salemin vankilassa Martha Corey erotettiin kirkosta ennen hirttoaan 22. syyskuuta. Täältä Giles Corey vietiin avoimelle pellolle ja murskattiin kuoliaaksi, jotta hänet saataisiin pakotettua oikeudenkäyntiin. George Jacobsin 17-vuotias tyttärentytär, joka oli syyttänyt isoisäänsä noituudesta, kirjoitti kirjeen, jossa hän pyysi anteeksiantoa odottaessaan teloitustaan Salemin vankilassa. Margaret Jacobs oli joutunut itse syytetyksi, ja pelossaan hän oli tunnustanut noituuden ja syyttänyt useita muita, myös isoisäänsä. Täällä tuomarit ja pastorit kuulustelivat myös John ja Elizabeth Proctorin palvelijaa Mary Warrenia. Warren oli väittänyt olevansa noita ja syyttänyt työnantajiaan. Kun hän perui sanansa, myös häntä syytettiin noituudesta.
Kun henkilö oli tuomittu noituudesta, oli yleensä vain päivien kysymys, milloin hänet teloitettiin. Essexin piirikunnan korkein sheriffi George Corwin nouti tuomitut vankilasta, ja heidät vietiin kärryillä, ratsastetut vartijat vierellä, teloituspaikalle kaupungin laidalla.
Uusi Salemin vankila rakennettiin vuonna 1813 Prison Lanen toiselle puolelle, missä se risteää Bridge Streetin kanssa, lähemmäs North Riveriä. Abner Cheney Goodall käytti vanhan vankilan puutavaraa asunnon rakentamiseen vanhalle paikalle vuonna 1863. Goodallin perhe, joka omisti rakennuksen vielä 1930-luvulla, avasi samalla vuosikymmenellä Salemin ensimmäisen ”Witch Cityn” nähtävyyden. He loivat vankilan uudelleen ja perivät sisäänpääsymaksun ”Old Witch Jail and Dungeon” (Vanha noitavankila ja vankityrmä) -näyttelyyn.
1950-luvun puolivälissä New England Telephone Company purki rakennuksen tehdäkseen tilaa uudelle toimistorakennukselleen osoitteessa 10 Federal Street. Historiallisen paikan menettäminen ei herättänyt juurikaan paheksuntaa. Vanha nähtävyys muutti Lynde Streetillä sijaitsevaan rakennukseen, joka oli alun perin rakennettu East Churchin kappeliksi ja jossa toimi vuosina 1908-1980 Salemin Christian Science Church. Vuonna 1980 avattu nähtävyys toimii yhä nykyään Witch Dungeon Museum -nimisenä museona. Federal Streetillä sijaitsevan uuden puhelinrakennuksen kaivauksissa löydettiin vanhan vankilan palkit. Nykyään yksi on esillä Salemin noitamuseossa, yksi on esillä Witch Dungeon Museumissa ja yksi on Peabody Essex Museumin kokoelmassa.