Kritiker av projektet hävdar att mottagarländerna borde förbättra förvaltningen av sitt eget vatten innan de importerar det från andra länder i regionen. Biskop Luiz Flávio Cappio från Bahia undrar också varför vatten exporteras när 3 miljoner fattiga bor längs Sao Francisco-flodens lopp, många av dem utan rinnande vatten och ordentlig sanitet. Han menar att överföringen ”kommer att kräva enorma resurser som skulle kunna användas till andra projekt som ligger mycket närmare människornas verklighet”. Det sägs också att projektet främst kommer att gynna rikare jordbrukare som redan har bevattningsinfrastruktur på plats och inte regnodlade jordbrukare som drabbas hårdast av torka. Ett annat argument från kritikerna är den påstådda vattenbristen i Sao Francisco-floden under torrperioden och den påföljande effekten på de akvatiska ekosystemen. João Alves Filho, guvernör i delstaten Sergipe, säger till exempel att det redan finns ”tecken på dödlighet” där floden flyter ut i havet. Marco Antônio Tavares Coelho, en framstående motståndare, säger att ”torka är det naturliga tillståndet för sertão” och att det skulle vara som att ”ta bort isen från Nordpolen”. År 2001 rapporterades det att Världsbanken vägrade att finansiera projektet på grund av dess begränsade effekt när det gäller att bekämpa fattigdom och torka.