Om 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) är en webbserver för modellering och visualisering av tredimensionella strukturer av högerhänta i) intra/intermolekylära DNA/RNA-duplexer med icke-kanoniska baspar tillsammans med deras chimära former & ii) RNA-DNA-hybridduplexer, iii) vänsterhänta Z-DNA/Z-RNA-duplexer, iv) triplexer och vi) intra/intermolekylära G-kvadruplexer på ett automatiserat sätt. Den genererar också en ensemble av konformationer som motsvarar den modellerade strukturen.
3D-NuS bygger DNA- och RNA-duplexer som innehåller alla möjliga kombinationer av felmatchningar tillsammans med kanoniska baspar på ett automatiserat sätt. 3D-NuS ger möjlighet att konstruera olika former av triplexer och quadruplexer för olika typer av RNA/DNA-strängkombinationer tillsammans med olika strängriktningar. För närvarande kan 3D-NuS generera energiminimerade modeller av 80 olika typer av triplexer, 58 typer av intra/intermolekylära quadruplexer, Z DNA/RNA- och DNA/RNA-chimera-modeller tillsammans med en mängd olika mismatch-innehållande DNA- eller RNA-duplexer och RNA-DNA-hybridduplexer för valfri användardefinierad sekvens och längd. Dessa beskrivs närmare i dokumentationen och på motsvarande sida för molekylär modellering.
