Metoder för att fånga kromosomkonformationer (3C) mäter DNA-kontaktfrekvenser baserade på nukleär proximitetsligering för att avslöja genomiska veckningsmönster in vivo. 4C-seq är en avledd 3C-metod som är utformad för att söka i genomet efter sekvenser som är i kontakt med en utvald genomisk plats av intresse. 4C-seq använder invers PCR och nästa generations sekvensering för att amplifiera, identifiera och kvantifiera DNA-fragment som är nära ligerade. Det genererar högupplösta kontaktprofiler för utvalda genomiska platser baserat på begränsade mängder sekvenseringsläsningar. 4C-seq kan användas för att studera flera aspekter av genomets organisation. Den tjänar främst till att identifiera specifika långväga DNA-kontakter mellan enskilda reglerande DNA-moduler, som till exempel bildar reglerande kromatinslingor mellan förstärkare och promotorer, eller arkitektoniska kromatinslingor mellan kohesin- och CTCF-associerade domängränser. Dessutom kan 4C-seq-kontaktprofiler avslöja konturerna av kontaktdomäner och kan identifiera de strukturella domäner som tillsammans besätter samma kärnavdelning. Här presenterar vi ett förbättrat steg-för-steg-protokoll för provberedning och generering av 4C-seq-sekvenseringsbibliotek, inklusive en optimerad PCR- och 4C-mallreningsstrategi. Dessutom tillhandahålls en pipeline för databehandling som bearbetar multiplexade 4C-seq-avläsningar direkt från FASTQ-filer och genererar filer som är kompatibla med standardgenombrowsers för visualisering och ytterligare statistisk analys av data, t.ex. peak calling med hjälp av peakC. De protokoll och den pipeline som presenteras bör lätt göra det möjligt för vem som helst att generera, visualisera och tolka sina egna högupplösta 4C-kontaktdatamängder.