Politiska engagemang
Abigail förblev en stödjande maka och förtrogna efter att hennes man blev president 1797. Vissa kritiker invände mot Abigails inflytande över sin make och kallade henne ”Mrs President”. Nationens andra första dam höll ett fullspäckat schema när hon befann sig i Philadelphia, landets huvudstad på den tiden. Abigail steg upp tidigt för att sköta familje- och hushållsfrågor och tillbringade en stor del av resten av dagen med att ta emot besökare och stå värd för evenemang. Hon tillbringade ändå mycket tid hemma i Massachusetts på grund av sin hälsa.
Abigail och John var inte alltid överens i politiska frågor. Under hennes mans presidentskap hade USA en del problem med Frankrike. Frankrike, som en gång var en stor allierad, befann sig mitt i en revolution när John blev president. Landet styrdes av en fem man stark verkställande grupp, känd som Directory, tillsammans med ett lagstiftande organ. Direktoriet hade stoppat handeln med USA och vägrade att träffa några amerikanska sändebud. År 1798 fick president Adams veta att de franska tjänstemännen skulle föra samtal mot betydande mutor. Detta försök till utpressning föll honom inte i smaken och han berättade om händelsen för kongressen. Dokumenten i samband med händelsen publicerades och hela situationen blev känd som X, Y, Z-affären eftersom president Adams endast hade använt bokstäver för att identifiera de franska tjänstemännen i stället för deras namn. Abigail ansåg att krig borde förklaras medan John sökte en fredlig och mindre kostsam lösning.
Paret var dock överens om Alien and Sedition Acts från 1798. De tre alien acts syftade på invandrare och innebar att väntetiden för naturalisering förlängdes, att regeringen kunde hålla kvar utlänningar och att det blev möjligt att deportera alla utlänningar som ansågs farliga. Sedition Act federaliserade förbudet mot illvilliga regeringsfientliga skrifter och andra verk som uppviglar till opposition mot kongressen eller presidenten. Enligt lagen omfattade straffen böter och fängelsestraff. Abigail, som var en ivrig förespråkare för sin make, tyckte att de som publicerade lögner om John borde straffas. President Adams undertecknade dessa lagar och har sedan dess fått kritik av historiker för denna invandrarfientliga och yttrandefrihetsfientliga lagstiftning.