Acariformes kan delas in i två huvudklasser – Sarcoptiformes och Trombidiformes. Dessutom har en parafyletisk grupp som innehåller primitiva former, Endeostigmata, tidigare också betraktats som distinkt. Den sistnämnda gruppen består av endast 10 familjer av föga studerade, små, mjuka kvalster som äter fast föda, t.ex. svampar, alger och mjuka ryggradslösa djur, t.ex. nematoder, roterare och tardigrader. Dessa klasser betraktades tidigare som underordningar, men detta möjliggör inte en tillräckligt exakt klassificering av kvalsterna och avskaffas i modernare behandlingar; Endeostigmata anses på olika sätt bilda en egen underordning (den gamla uppfattningen) eller ingår huvudsakligen i Sarcoptiformes, vilket gör att båda grupperna är monofyletiska.
En annan grupp som ofta nämns är Actinedida, men i behandlingar som den nuvarande delas denna upp mellan Sarcoptiformes (och tidigare de separata Endeostigmata) och Trombidiformes (som innehåller huvuddelen av ”Actinedida”), eftersom den tycks vara en massivt parafyletisk ”avfallstaxon”, som förenar alla Acariformes som inte är ”typiska” Oribatida och Astigmatina. Trombidiformerna har sina egna problem. Den lilla gruppen Sphaerolichida verkar vara den äldsta släkten bland dem. Prostigmata är dock på olika sätt indelade i Anystina och Eleutherengona samt Eupodina. Dessa gruppers avgränsning och inbördes relationer är helt oklara; medan de flesta analyser finner att en av de två sistnämnda, men inte den andra, är en undergrupp till Anystina; ingen av dessa ömsesidigt motsägande hypoteser är särskilt robust; möjligen är detta ett enkelt fel eftersom fylogenetiska programvaror vanligen misslyckas med att hantera icke-dikotoma fylogenier. Följaktligen kan det för tillfället vara bäst att betrakta var och en av de tre huvudlinjerna av prostigmatanerna som lika distinkta från de två andra.