Mutationer i generna TRIP11, SLC26A2 och COL2A1 orsakar akondrogenes typ 1A, typ 1B respektive typ 2.
Den genetiska orsaken till akondrogenes typ 1A var okänd fram till nyligen, då forskare upptäckte att tillståndet kan bero på mutationer i TRIP11-genen. Denna gen ger instruktioner för tillverkning av ett protein som kallas GMAP-210. Detta protein spelar en viktig roll i Golgiapparaten, en cellstruktur där nyproducerade proteiner modifieras så att de kan utföra sina funktioner. Mutationer i TRIP11-genen förhindrar produktionen av funktionellt GMAP-210, vilket förändrar Golgiapparatens struktur och funktion. Forskarna misstänker att celler som kallas kondrocyter i skelettet under utveckling kan vara mest känsliga för dessa förändringar. Kondrocyter ger upphov till brosk, en seg och flexibel vävnad som utgör en stor del av skelettet under den tidiga utvecklingen. Det mesta brosket omvandlas senare till ben, med undantag för det brosk som fortsätter att täcka och skydda benändarna och som finns i näsan och de yttre öronen. Fel i Golgiapparaten i kondrocyter ligger sannolikt till grund för problemen med benbildning vid achondrogenesis typ 1A.
Achondrogenesis typ 1B är den allvarligaste av ett spektrum av skelettsjukdomar som orsakas av mutationer i SLC26A2-genen. Denna gen ger instruktioner för tillverkning av ett protein som är viktigt för normal utveckling av brosk och för dess omvandling till ben. Mutationer i SLC26A2-genen orsakar de skelettproblem som är karakteristiska för akondrogenes typ 1B genom att störa strukturen hos det brosk som håller på att utvecklas, vilket förhindrar att benen bildas på rätt sätt.
Akondrogenes typ 2 är en av flera skelettstörningar som beror på mutationer i COL2A1-genen. Denna gen ger instruktioner för tillverkning av ett protein som bildar kollagen av typ II. Denna typ av kollagen finns främst i brosk och i den klara gel som fyller ögongloben (glaskroppen). Den är viktig för den normala utvecklingen av ben och andra bindvävnader som bildar kroppens stödjande ramverk. Mutationer i COL2A1-genen stör sammansättningen av kollagenmolekyler av typ II, vilket gör att ben och andra bindvävsmolekyler inte utvecklas korrekt.