Välkommen!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Vad är AutoDock?
AutoDock är en svit av automatiserade dockningsverktyg. Det är utformat för att förutsäga hur små molekyler, t.ex. substrat eller läkemedelskandidater, binder till en receptor med känd 3D-struktur.
De nuvarande distributionerna av AutoDock består av två generationer av programvara: AutoDock 4 och AutoDock Vina.
AutoDock 4 består egentligen av två huvudprogram: autodock utför dockningen av liganden till en uppsättning rutnät som beskriver målproteinet; autogrid förberäknar dessa rutnät.
Förutom att använda dem för dockning kan de atomära affinitetsrutorna visualiseras. Detta kan till exempel hjälpa till att vägleda organiska syntetiska kemister att utforma bättre bindemedel.
AutoDock Vina kräver inte att man väljer atomtyper och förberäknar rutnätskartor för dem. Istället beräknar den rutnätet internt, för de atomtyper som behövs, och den gör detta praktiskt taget omedelbart.
Vi har också utvecklat ett grafiskt användargränssnitt som kallas AutoDockTools, förkortat ADT, som bland annat hjälper till att ställa in vilka bindningar som kommer att behandlas som roterbara i liganden och att analysera dockningar.
AutoDock har tillämpningar inom:
|
 |
AutoDock 4 är gratis och finns tillgänglig under GNU General Public License. AutoDock Vina är tillgänglig under Apache-licensen, som tillåter kommersiell och icke-kommersiell användning och vidaredistribution. Klicka på fliken ”Downloads”. Och glad dockning!
Vad är AutoDock Vina?
AutoDock Vina är en ny generation av dockningsprogram från Molecular Graphics Lab. Den uppnår betydande förbättringar i den genomsnittliga noggrannheten hos förutsägelserna av bindningslägena, samtidigt som den är upp till två storleksordningar snabbare än AutoDock 4.1
Om de poängsättningsfunktioner som AutoDock 4 och AutoDock Vina använder sig av är olika och oexakta, kan något av programmen ge ett bättre resultat för ett givet problem.
Detaljerad information finns på AutoDock Vinas webbplats.
Vad är nytt?
1 juni 2009
AutoDock 4.2 är snabbare än tidigare versioner och tillåter att sidokedjor i makromolekylen är flexibla. Liksom tidigare är rigid dockning bländande snabb, och flexibel dockning av hög kvalitet kan göras på cirka en minut. Upp till 40 000 rigida dockningar kan göras på en dag på en cpu.
AutoDock 4.2 har nu en poängsättningsfunktion för fri energi som baseras på en linjär regressionsanalys, AMBER-kraftfältet och en ännu större uppsättning olika protein-ligandkomplex med kända hämningskonstanter än vad vi använde i AutoDock 3.0. Den bästa modellen korsvaliderades med en separat uppsättning HIV-1-proteaskomplex och bekräftade att standardfelet ligger på cirka 2,5 kcal/mol. Detta är tillräckligt för att skilja mellan ledtrådar med milli-, mikro- och nanomolära hämningskonstanter.
Du kan läsa mer om de nya funktionerna i AutoDock 4.2 och hur du använder dem i AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 är gratis programvara
7 maj 2007
Införandet av AutoDock 4 omfattar tre stora förbättringar:
- Dockningsresultaten är mer exakta och tillförlitliga.
- Det kan valfritt modellera flexibilitet i målmakromolekylen.
- Det möjliggör AutoDocks användning vid utvärdering av protein-proteininteraktioner.
AutoDock 4.0 är inte bara snabbare än tidigare versioner, utan tillåter även att sidokedjor i makromolekylen är flexibla. Liksom tidigare är rigid dockning bländande snabb, och flexibel dockning av hög kvalitet kan göras på cirka en minut. Upp till 40 000 rigida dockningar kan göras på en dag på en cpu.
AutoDock 4.0 har nu en poängsättningsfunktion för fri energi som baseras på en linjär regressionsanalys, kraftfältet AMBER och en ännu större uppsättning olika protein-ligandkomplex med kända inhibitonkonstanter än vad vi använde i AutoDock 3.0. Den bästa modellen korsvaliderades med en separat uppsättning HIV-1-proteaskomplex och bekräftade att standardfelet ligger på cirka 2,5 kcal/mol. Detta är tillräckligt för att skilja mellan ledtrådar med milli-, mikro- och nanomolära hämningskonstanter.
Du kan läsa mer detaljer om de nya funktionerna i AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4.0 kan kompileras för att dra nytta av nya sökmetoder från optimeringsbiblioteket ACRO, som utvecklats av William E. Hart vid Sandia National Labs. Vi har också lagt till några nya funktioner till våra befintliga evolutionära metoder. Vi tillhandahåller fortfarande Monte Carlo simulated annealing (SA)-metoden från 2.4 och tidigare. Lamarckian Genetic Algorithm (LGA) är en stor förbättring av den genetiska algoritmen, och båda de genetiska metoderna är mycket effektivare och robustare än SA.
Postlista och forum
Vi har upprättat en postlista och ett forum för AutoDock-användare. Här finns mer information om AutoDock List (ADL). URL för forumet är http://mgl.scripps.edu/forum.
Vad är AutoDockTools (ADT)?
Vi har utvecklat och fortsätter att förbättra vår grafiska front-end för AutoDock och AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Det körs på Linux, Mac OS X, SGI IRIX och Microsoft Windows. Vi har också nya handledningar, tillsammans med tillhörande exempelfiler.
Var används AutoDock?
AutoDock har nu distribuerats till mer än 29000 användare runt om i världen. Det används i akademiska, statliga, ideella och kommersiella miljöer. I januari 2011 visade en sökning i ISI Citation Index att mer än 2700 publikationer har citerat de primära AutoDock-metoderna.
AutoDock distribueras nu under GPL-licensen för öppen källkod och är fritt tillgänglig för alla att använda. På grund av begränsningarna för att införliva GPL-licensierad programvara i andra koder i syfte att distribuera den vidare kanske vissa företag vill licensiera AutoDock enligt ett separat licensavtal – vilket vi kan ordna. Kontakta professor Arthur J. Olson på + 1 (858) 784-2526 för mer information.
Varför använda AutoDock?
AutoDock har använts i stor utsträckning och det finns många exempel på dess framgångsrika tillämpning i litteraturen (se Referenser). 2006 var AutoDock den mest citerade dockningsprogramvaran. Den är mycket snabb, ger högkvalitativa förutsägelser av ligandkonformationer och goda korrelationer mellan förutsagda hämningskonstanter och experimentella sådana. AutoDock har också visat sig vara användbart vid blinddockning, där bindningsställets läge inte är känt. AutoDock är dessutom en fri programvara och version 4 distribueras under GNU General Public License; den är också lätt att få tag på.
Kör ditt AutoDock-forskningsprojekt på World Community Grid!
Kör din forskning på AutoDock? Om så är fallet kan du vara berättigad att dra nytta av World Community Grids kostnadsfria beräkningskraft för att påskynda din forskning. AutoDock har redan blivit ”grid-enabled” av World Community Grids tekniska team och körs på World Community Grid med följande projekt:
- FightAIDS@Home-projektet från The Scripps Research Institute.
- Discover Dengue Drugs – Together-projektet från University of Texas Medical Branch.
- Hjälp till att bekämpa barncancer
- Sök efter antivirala läkemedel mot influensa
- GO Fight Against Malaria
Se World Community Grids kriterier för forskningsprojekt och kontakta World Community Grid om du har en idé till ett projektförslag eller har några frågor.