Svin med denna sjukdom verkar normala vid födseln men utvecklar vanligtvis tecken och symtom under det första levnadsåret eller under den tidiga barndomen. De karakteristiska dragen för detta tillstånd, som kan variera från lindriga till livshotande, inkluderar matningssvårigheter, återkommande episoder av kräkningar och diarré, överdriven trötthet (letargi) och svag muskeltonus (hypotoni). Om den här sjukdomen inte behandlas kan den leda till försenad utveckling, kramper och koma. Tidig upptäckt och livslång behandling (genom att följa en proteinfattig kost och använda lämpliga kosttillskott) kan förhindra många av dessa komplikationer. I vissa fall upplever personer med genmutationer som orsakar 3-metylcrotonyl-CoA-karboxylasbrist aldrig några tecken eller symtom på sjukdomen.
De karakteristiska dragen för detta tillstånd liknar dem för Reyes syndrom, en allvarlig sjukdom som utvecklas hos barn medan de verkar återhämta sig från virusinfektioner som vattkoppor eller influensa. De flesta fall av Reyes syndrom förknippas med användning av aspirin under dessa virusinfektioner.