Vid jämförelse med andra antikroppsformat som IgG, Fab-fragment eller scFvs har VHH-domäner många unika egenskaper och fördelar.
För det första täcker VHHH-domäner, med endast tre CDR-slingor och en tendens till långa CDR3-sekvenser, ett annat, men ändå överlappande, epitopområde jämfört med konventionella IgG. I allmänhet verkar det finnas en tendens att binda till nativa, diskontinuerliga konformationsepitoper snarare än till linjära peptidepitoper. Undantag är ChromoTeks anti-Spot-Tag VHH och anti-Myc VHH, som känner igen små linjära peptidtaggar.
VHHs kan produceras i en mängd olika uttryckssystem, från bakterier via jäst till däggdjursceller. Precis som konventionella IgGs kan de märkas med en mängd olika (fluorescerande) färgämnen, biotin eller andra små molekyler. Dessutom kan de fästas kovalent på ytor, t.ex. agarospärlor eller andra matriser. Det är också möjligt med platsstyrd funktionalisering och stoikiometrisk märkning.
På grund av deras lilla storlek (ca 12-15 kDa) och enkelkedjestruktur lämpar sig VHHs för tillämpningar för vilka den stora storleken hos konventionella IgGs med fyra peptidkedjor (150 kDa) är ofördelaktig, t.ex. superupplösningsmikroskopi, vävnadspenetration eller FRET- och ECL-baserade tekniker.
VHH-domäner lämpar sig utmärkt för att generera bispecifika antikroppsformat, antingen genom genetisk fusion eller konjugering till andra rekombinanta antikroppar. Återigen är deras lilla storlek, höga stabilitet och goda uttrycksmöjligheter fördelaktiga för generering av bi- eller till och med multispecifika molekyler.
För övrigt, och i motsats till fullständiga IgG:er, kan vissa VHH-domäner uttryckas genetiskt intracellulärt och binda till sina respektive intracellulära målproteiner. När de fusioneras med fluorescerande proteiner som GFP eller RFP kan dessa sdAbs användas för intracellulär visualisering av de endogena målstrukturerna in vivo. ChromoTek erbjuder en mängd olika sådana VHH-FP-fusioner, så kallade Chromobodies, t.ex. för in vivo visualisering av aktin, PCNA, kärnlamina och andra cytoskelett- eller kärnstrukturer.