AAA+ ATPaser är enzymer som innehåller en P-loop NTPas-domän och fungerar som molekylära chaperoner, ATPas-underenheter till proteaser, helikaser eller nukleinsyrastimulerade ATPaser. Alla tillgängliga sekvenser och strukturer av AAA+-proteindomäner jämfördes i syfte att identifiera de definitiva sekvens- och strukturdragen hos dessa domäner och att härleda de viktigaste händelserna i deras utveckling. En evolutionär klassificering av AAA+-klassen utvecklades med hjälp av standardiserade fylogenetiska metoder, analys av gemensamma sekvens- och struktursignaturer och likhetsbaserad klusterbildning. Denna analys resulterade i identifiering av 26 huvudfamiljer inom AAA+ ATPas-klassen. Vi beskriver också AAA+ ATPasernas position i förhållande till RecA/F1, helicas superfamiljerna I/II, PilT och ABC-klasserna av P-loop NTPaser. AAA+-klassen tycks ha genomgått en tidig strålning till klasser av clamp-loader, DnaA/Orc/Cdc6, klassisk AAA och ”pre-sensor 1 beta-hairpin” (PS1BH). Inom PS1BH-kladen bildar chelataser, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasin, NtrC och MCM en monofyletisk grupp som definieras av ett distinkt instick i helix-2 i den bevarade ATPaskärnan och ytterligare ett helixsegment mellan ATPaskärnan och det C-terminala alfa-helixbunten. Minst sex olika AAA+-proteiner, som representerar de olika huvudkladerna, kan spåras till den sista universella gemensamma förfadern (LUCA) för det existerande celllivet. Dessutom fanns troligen superfamilj III-helikaser, som tillhör PS1BH-grupperingen, i detta skede i virusliknande ”själviska” replikoner. Nästa stora strålning, vid basen av de två prokaryotiska rikena, bakterier och arkéer, gav upphov till flera olika chaperoner, ATPase-underenheter av proteaser, DNA-helikaser och transkriptionsfaktorer. Den tredje stora strålningen, i början av den eukaryota evolutionen, bidrog till uppkomsten av flera eukaryota-specifika anpassningar med anknytning till kärn- och cytoskeletala funktioner. De nya relationer och tidigare oupptäckta domäner som rapporteras här kan ge nya ledtrådar för att undersöka AAA+ ATPasers biologi.