Aborativ initiering är en normal transkriptionsprocess och förekommer både in vitro och in vivo. Efter varje nukleotidtillsatssteg i den initiala transkriptionen kan RNA-polymeras, på ett stokastiskt sätt, fortsätta på vägen mot promotorflykt (produktiv initiering) eller frigöra RNA-produkten och återgå till det öppna RNA-polymeras-promotor-komplexet (abortiv initiering). Under detta tidiga skede av transkriptionen går RNA-polymeraset in i en fas under vilken dissociation av transkriptionskomplexet energimässigt konkurrerar med förlängningsprocessen. Abortiv cykling orsakas inte av en stark bindning mellan initieringskomplexet och promotorn.
DNA-skräpningRedigera
Under många år förblev mekanismen genom vilken RNA-polymeras förflyttar sig längs DNA-strängen under en abortiv initiering svårdefinierad. Man hade observerat att RNA-polymeras inte flydde från promotorn under initieringen av transkriptionen, så det var okänt hur enzymet kunde läsa DNA-strängen för att transkribera den utan att röra sig nedströms. Under det senaste decenniet har studier avslöjat att abortiv initiering involverar DNA-scrunching, där RNA-polymeras förblir stationärt medan det avrullar och drar nedströms DNA in i transkriptionskomplexet för att passera nukleotiderna genom polymerasets aktiva plats och därigenom transkribera DNA utan att röra på sig. Detta leder till att det avvecklade DNA:t ackumuleras i enzymet, därav namnet DNA ”scrunching”. Vid abortiv initiering rullar RNA-polymeraset tillbaka och kastar ut nedströmsdelen av det avrullade DNA:t, frigör RNA:t och återgår till det öppna komplexet RNA-polymeras-promotor. Vid produktiv initiering rullar RNA-polymeraset däremot tillbaka och kastar ut uppströmsdelen av det avrullade DNA:t, bryter interaktionerna mellan RNA-polymeras-promotor, lämnar promotorn och bildar ett transkriptionsförlängningskomplex.
I en artikel från 2006, som visade att DNA-strykning är inblandat i den initiala transkriptionen, föreslogs idén att den stress som uppstår under DNA-strykning utgör drivkraften för både abortiv initiering och produktiv initiering. En kompletterande artikel som publicerades samma år bekräftade att detekterbar DNA-skräpning förekommer i 80 % av transkriptionscyklerna, och uppskattas faktiskt till 100 %, med tanke på begränsningen av förmågan att detektera snabb skräpning (20 % av skräpningarna har en varaktighet på mindre än 1 sekund).
En artikel från 2016 visade att DNA-skräpning också förekommer före RNA-syntesen under valet av startplats för transkriptionen.