Muḥammad ʿAlī och hans efterföljare
I juli 1820 skickade Muḥammad ʿAlī, vicekung av Egypten under det ottomanska riket, en armé under sin son Ismāʿīl för att erövra Sudan. Muḥammad ʿAli var intresserad av det guld och de slavar som Sudan kunde erbjuda och ville kontrollera det stora inlandet söder om Egypten. År 1821 hade Funj och sultanen i Darfur kapitulerat, och det nilotiska Sudan från Nubien till Etiopiens utlöpare och från Atbara-floden till Darfur blev en del av Muḥammad ʿAlīs expanderande imperium.
Uppbörden av skatter under Muḥammad ʿAlīs regim uppgick till virtuell konfiskering av guld, boskap och slavar, och motståndet mot hans styre blev intensivt och bröt så småningom ut i uppror och mordet på Ismāʿīl och hans livvakt. Men rebellerna saknade ledarskap och samordning, och deras uppror slogs brutalt ned. En sur fientlighet hos sudaneserna möttes av fortsatt förtryck tills ʿAlī Khūrshīd Āghā utsågs till generalguvernör 1826. Hans administration markerade en ny era i de egyptisk-sudanesiska förbindelserna. Han sänkte skatterna och rådfrågade sudaneserna genom den respekterade sudanesiska ledaren ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. Amnestibrev beviljades till flyktingar. Ett mer rättvist skattesystem infördes, och den mäktiga klassen av heliga män och shejker (stamhövdingar) fick stöd för administrationen genom att de befriades från beskattning. Men ʿAlī Khūrshīd nöjde sig inte bara med att återställa Sudan till sitt tidigare tillstånd. Under hans initiativ skyddades och utökades handelsvägarna, Khartoum utvecklades som administrativ huvudstad och en mängd jordbruksmässiga och tekniska förbättringar genomfördes. När han drog sig tillbaka till Kairo 1838 lämnade han ett välmående och nöjt land bakom sig.
Hans efterträdare, Aḥmad Pasha Abū Widān, fortsatte sin politik med några få undantag och gjorde det till sin främsta uppgift att utrota den officiella korruptionen. Abū Widān handlade hänsynslöst mot brottslingar eller de som försökte motarbeta hans planer på att omorganisera beskattningen. Han var särskilt förtjust i armén, som drog nytta av regelbunden lön och drägliga villkor i utbyte mot att den fick bära huvuddelen av den egyptiska administrationens expansion och konsolidering i Kassalā och bland Baqqārah-araberna i södra Kordofan. Muḥammad ʿAlī, som misstänkte Abū Widān för illojalitet, återkallade honom till Kairo hösten 1843, men han dog på ett mystiskt sätt, många trodde att han dog av gift, innan han lämnade Sudan.
Under de följande två decennierna stagnerade landet på grund av den ineffektiva regeringen i Khartoum och vicekungarnas vacklan i Kairo. Om Abū Widāns efterträdare hade administrativ talang kunde de sällan visa det. Ingen generalguvernör hade sitt ämbete tillräckligt länge för att införa sina egna planer, än mindre fortsätta med sin föregångares planer. Nya planer påbörjades aldrig, och gamla projekt lät man förfalla. Utan ledning blev armén och byråkratin demoraliserade och likgiltiga, medan sudaneserna blev missnöjda med regeringen. År 1856 besökte vicekungen Saʿīd Pasha Sudan och chockades av vad han såg och övervägde att överge det helt och hållet. I stället avskaffade han ämbetet som generalguvernör och lät varje sudanesisk provins rapportera direkt till viceregalmyndigheten i Kairo. Detta tillstånd kvarstod fram till Saʿīds död 1863.
Under dessa lugna årtionden inleddes emellertid två olycksbådande utvecklingar som förebådade framtida problem. Som en reaktion på påtryckningar från västmakterna, särskilt Storbritannien, beordrades Sudans generalguvernör att stoppa slavhandeln. Men inte ens vicekungen själv kunde övervinna etablerade sedvänjor med ett pennstreck och uppförandet av några polisstationer. Om begränsningen av slavhandeln ledde till motstånd bland sudaneserna, orsakade utnämningen av kristna tjänstemän i administrationen och expansionen av det europeiska kristna samfundet i Sudan öppen förbittring. De europeiska köpmännen, som oftast var av medelhavsursprung, ignorerades eller tolererades av sudaneserna och begränsade sina kontakter till landsmän inom den egna gemenskapen och till de turkisk-egyptiska tjänstemännen, vars sätt och klädsel de ofta antog. De blev en mäktig och inflytelserik grupp, vars bestående bidrag till Sudan var att ta ledningen för att öppna Vita Nilen och södra Sudan för sjöfart och handel efter att Muḥammad ʿAlī hade avskaffat de statliga handelsmonopolen i Sudan 1838 under påtryckningar från de europeiska makterna.