Musikvideon till Judith regisserades av David Fincher, regissör av Fight Club, Se7en och musikvideor för Aerosmith, Madonna och The Wallflowers. Videon består av bandet som uppträder i en stor, tom studio med många av Finchers kännetecknande filmiska trick som används: mörk, rökig belysning, mörkläggning av ansikten, omfattande filmskrapning och bildmanipulation. Alla medlemmar visas spela sina instrument i videon. I slutet av den första refrängen och i början av den andra versen, där basen faller bort för en sektion med enbart trummor och blygitarr, syns basisten Paz Lenchantin sätta sitt hår i en knut. Hon kunde dock inte göra det tillräckligt snabbt i realtid under inspelningen, och följaktligen har avsnittet snabbats upp något för den filmade handlingen för att passa in i utrymmet i låten. I en intervju med Sook-Yin Lee, en tidigare MuchMusic VJ, avslöjade Howerdel att bandet ursprungligen hade tänkt sig att videon skulle ha en berättelse, men att de på grund av tidsbrist inte kunde göra det.