Samlingen av ”expansionssegment” av en eukaryotisk 26S/28S ribosomalt RNA (rRNA)-gen är ansvarig för huvuddelen av skillnaden i längd mellan den prokaryotiska 23S rRNA-genen och den eukaryotiska 26S/28S rRNA-genen. Expansionssegmenten är också ansvariga för interspecifika fluktuationer i längd under den eukaryotiska evolutionen. De uppvisar en konsekvent bias i bassammansättningen hos alla arter; de är till exempel AT-rika hos Drosophila melanogaster och GC-rika hos ryggradsarter. Dotmatrisjämförelser av uppsättningar av expansionssegment avslöjar stora likheter mellan medlemmarna i en uppsättning inom en 28S rRNA-gen hos en art, i motsats till den ringa eller falska likhet som finns mellan uppsättningar av expansionssegment från långt ifrån besläktade arter. Likheterna mellan medlemmarna i en uppsättning expansionssegment inom en 28S rRNA-gen kan inte förklaras enbart av deras baskompositionsbias. Däremot finns ingen betydande likhet inom en uppsättning ”kärnsegment” (regioner mellan expansionssegmenten) i någon 28S rRNA-gen, även om kärnsegmenten är bevarade mellan arter. Uppsättningen expansionssegment i en 26S/28S-gen samutvecklas som en enhet i varje art, samtidigt som familjen av 28S rRNA-gener som helhet genomgår en kontinuerlig homogenisering, vilket gör att alla uppsättningar expansionssegment från alla ribosomala DNA-arrayer (rDNA) i en art liknar varandra i sekvens. Analysen av DNA-simplicity av 26S/28S rRNA-gener visar ett direkt samband mellan signifikant höga relativa simplicity factors (RSF) och sekvenslikhet bland en uppsättning expansionssegment. En liknande korrelation finns mellan RSF-värden, övergripande rDNA-längder och längden på enskilda expansionssegment. Sådana korrelationer tyder på att de flesta längdfluktuationer återspeglar vinst och förlust av enkla sekvensmotiv genom glidningsliknande mekanismer. Vi diskuterar den molekylära samevolutionen av expansionssegment, som sker mot en bakgrund av slippage-liknande och ojämna crossing-over-mekanismer för omsättning som är ansvariga för ackumuleringen av interspecifika skillnader i rDNA-sekvenser.