Hoppa till innehåll
Meny
CDhistory
CDhistory

RefSeq Gene

Publicerat den april 30, 2021 av admin
  • Beskrivning
  • Display Conventions and Configuration
  • Metoder
  • Krediter

Beskrivning

RefSeq Genes-spåret visar kända proteinkodande och icke-proteinkodande gener från musen, hämtade från NCBI:s RNA-referenssekvensamling (RefSeq). De data som ligger till grund för detta spår uppdateras varje vecka.

Besök sidan Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) för att komma med förslag, skicka in tillägg och korrigeringar eller be om hjälp angående RefSeq-poster.

För mer information om de olika genspåren, se vår FAQ om gener.

Display Conventions and Configuration

Det här spåret följer de visningskonventioner som gäller för genförutsägelsespår.Färgskuggningen anger vilken granskningsnivå RefSeq-posten har genomgått: förutspådd (ljus), provisorisk (medium), granskad (mörk).

Etiketterna och visningsfärgerna för funktioner i det här spåret kan konfigureras med hjälp av kontrollerna högst upp på sidan för spårbeskrivning.

  • Etikett: Som standard märks objekt med gennamn. Klicka på lämpligt etikettalternativ för att visa accessionsnamnet i stället för gennamnet, visa både gen- och accessionsnamn eller stänga av etiketten helt och hållet.
  • Kodonfärgning: Om du vill visa kodonfärger väljer du alternativet genomiska kodoner i rullgardinsmenynColor track by codons för att visa kodonfärger. Mer information om den här funktionen finns på sidan Färgläggning av genförutsägelser och kommentarer efter kodon.
  • Dölj icke-kodande gener: Som standard visas både proteinkodande och icke-proteinkodande gener. Om du vill se endast de kodande generna klickar du på den här rutan.

Metoder

RefSeq RNAs anpassades mot musens genom med hjälp av BLAT. De med en anpassning på mindre än 15 % valdes bort. När ett enskilt RNA anpassades på flera ställen identifierades den anpassning som hade den högsta basidentiteten. Endast anpassningar med en basidentitet inom 0,1 % av den bästa och minst 96 % basidentitet med genomsekvensen behölls.

Krediter

Denna spår producerades vid UCSC från RNA-sekvensdata som genererats av forskare över hela världen och kuraterats av NCBIRefSeq-projektet.

Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518

Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018

.

Lämna ett svar Avbryt svar

Din e-postadress kommer inte publiceras. Obligatoriska fält är märkta *

Senaste inläggen

  • Acela är tillbaka:
  • OMIM Entry – # 608363 – KROMOSOM 22q11.2 DUPLIKATIONSSYNDROM
  • Kate Albrechts föräldrar – Lär dig mer om hennes far Chris Albrecht och hennes mor Annie Albrecht
  • Temple Fork Outfitters
  • Burr (roman)

Arkiv

  • februari 2022
  • januari 2022
  • december 2021
  • november 2021
  • oktober 2021
  • september 2021
  • augusti 2021
  • juli 2021
  • juni 2021
  • maj 2021
  • april 2021
  • DeutschDeutsch
  • NederlandsNederlands
  • SvenskaSvenska
  • DanskDansk
  • EspañolEspañol
  • FrançaisFrançais
  • PortuguêsPortuguês
  • ItalianoItaliano
  • RomânăRomână
  • PolskiPolski
  • ČeštinaČeština
  • MagyarMagyar
  • SuomiSuomi
  • 日本語日本語
©2022 CDhistory | Drivs med WordPress och Superb Themes