Beskrivning
RefSeq Genes-spåret visar kända proteinkodande och icke-proteinkodande gener från musen, hämtade från NCBI:s RNA-referenssekvensamling (RefSeq). De data som ligger till grund för detta spår uppdateras varje vecka.
Besök sidan Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) för att komma med förslag, skicka in tillägg och korrigeringar eller be om hjälp angående RefSeq-poster.
För mer information om de olika genspåren, se vår FAQ om gener.
Display Conventions and Configuration
Det här spåret följer de visningskonventioner som gäller för genförutsägelsespår.Färgskuggningen anger vilken granskningsnivå RefSeq-posten har genomgått: förutspådd (ljus), provisorisk (medium), granskad (mörk).
Etiketterna och visningsfärgerna för funktioner i det här spåret kan konfigureras med hjälp av kontrollerna högst upp på sidan för spårbeskrivning.
- Etikett: Som standard märks objekt med gennamn. Klicka på lämpligt etikettalternativ för att visa accessionsnamnet i stället för gennamnet, visa både gen- och accessionsnamn eller stänga av etiketten helt och hållet.
- Kodonfärgning: Om du vill visa kodonfärger väljer du alternativet genomiska kodoner i rullgardinsmenynColor track by codons för att visa kodonfärger. Mer information om den här funktionen finns på sidan Färgläggning av genförutsägelser och kommentarer efter kodon.
- Dölj icke-kodande gener: Som standard visas både proteinkodande och icke-proteinkodande gener. Om du vill se endast de kodande generna klickar du på den här rutan.
Metoder
RefSeq RNAs anpassades mot musens genom med hjälp av BLAT. De med en anpassning på mindre än 15 % valdes bort. När ett enskilt RNA anpassades på flera ställen identifierades den anpassning som hade den högsta basidentiteten. Endast anpassningar med en basidentitet inom 0,1 % av den bästa och minst 96 % basidentitet med genomsekvensen behölls.
Krediter
Denna spår producerades vid UCSC från RNA-sekvensdata som genererats av forskare över hela världen och kuraterats av NCBIRefSeq-projektet.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.