Förhållandena i fängelset var fruktansvärda. Det hade smutsiga golv, var lussigt, mörkt, dystert och stank av tobak och dynga. Det var varmt på sommaren och kallt på vintern. Järnstänger täckte fönstren. I ett försök att förhindra att de anklagades spöken flögs ut och förföljde de drabbade, använde fängelsevakterna bojor för att hålla fast de dömda – både unga, gamla och sjuka. De fängslade fick betala för kost och logi (ungefär två shilling och sex pence i veckan) plus en avgift för kedjorna. Det är osäkert om det fanns några celler under marken; ”fängelsehålan” betydde troligen huvudrummet på första våningen.
Det var i fängelset i Salem som Martha Corey exkommunicerades innan hon hängdes den 22 september. Det var härifrån som Giles Corey fördes till ett öppet fält och krossades till döds, i ett försök att tvinga honom att ställa sig inför rätta. Det 17-åriga barnbarnet till George Jacobs, som hade anklagat sin farfar för häxeri, skrev ett brev där hon bad honom om förlåtelse medan han väntade på sin avrättning i fängelset i Salem. Margaret Jacobs hade själv blivit anklagad och i rädsla hade hon erkänt häxeri och anklagat flera andra, däribland sin farfar. Det var också här som Mary Warren, John och Elizabeth Proctors tjänare, förhördes av magistraterna och pastorerna. Warren hade hävdat att hon var drabbad och anklagade sina arbetsgivare. När hon återkallade anklagades även hon för häxeri.
När en person dömdes för häxeri var det vanligtvis bara en fråga om dagar innan de avrättades. Essex County High Sheriff George Corwin hämtade de dömda vid fängelset och de fördes med vagn, med beridna vakter bredvid, till avrättningsplatsen i utkanten av staden.
Ett nytt fängelse i Salem byggdes 1813, på andra sidan Prison Lane där den korsade Bridge Street, närmare North River. Det gamla fängelsets timmer användes 1863 av Abner Cheney Goodall för att bygga ett bostadshus på den gamla platsen. Familjen Goodall, som fortfarande ägde byggnaden på 1930-talet, öppnade Salems första ”Witch City”-attraktion under det årtiondet. De återskapade ett fängelse och tog betalt för att besöka ”Old Witch Jail and Dungeon”.
I mitten av 1950-talet raserade New England Telephone Company byggnaden för att ge plats åt sin nya kontorsbyggnad som ligger på 10 Federal Street. Det var inte många som protesterade mot förlusten av den historiska platsen. Den gamla attraktionen flyttade till en byggnad på Lynde Street, som ursprungligen hade byggts som ett kapell för East Church och sedan var hemvist, från 1908 till 1980, för Salems Christian Science Church. Attraktionen öppnade 1980 och fungerar fortfarande idag som Witch Dungeon Museum. Under utgrävningen för den nya telefonbyggnaden på Federal Street upptäcktes balkar från det gamla fängelset. I dag visas en av dem på Salem Witch Museum, en på Witch Dungeon Museum och en i Peabody Essex Museums samling.