Här presenteras en allmän översikt över förändringarna i det genetiska uttrycket längs en tidskurva under de första 20 minuterna efter försurning till pH 4,5 av exponentiellt växande kulturer av den livsmedelspatogena stammen Staphylococcus aureus 50583. En nyutvecklad metod för statistisk signifikanstestning användes för att upptäcka signifikanta genuttrycksreaktioner. De flesta svaren visade en ökning eller minskning från tid noll till 10 minuter efter försurning och sedan i allmänhet en stabilisering av uttrycksnivån från 10 till 20 minuter. Ökad ureasaktivitet verkade vara en viktig faktor i syraförsvaret, tillsammans med protonutsöndring genom NADH-dehydrogenas och makromolekylära reparationsmekanismer. Svar på oxidativ stress, såsom ökat uttryck av gener för thioredoxin och uppreglering av gener för pentosfosfatvägen för att generera mer reduktionsförmåga, inducerades också. En allmän minskning av uttrycket av gener som kodar för ribosomala proteiner och gener som är involverade i nukleotidsyntesen samt fettsyra- och lipoproteinmetabolismen återspeglade den sänkta tillväxthastigheten efter försurning. pH-chocken tycktes inte utlösa några större virulensreaktioner eller biofilmsbildning. Reglering och transport av metalljoner påverkades av syrachocken, och produktionen av flera kofaktorer, t.ex. molybdopterin, ökade. Många av de presenterade observationerna kunde förklaras, medan vissa representerar ännu okända mekanismer. Regleringsmönstren bekräftades med kvantitativ omvänd transkriptas-PCR (QRT-PCR). Tillsammans visade dessa resultat de viktigaste reaktionerna hos S. aureus och kommer att vara en bra utgångspunkt för framtida, mer specifika, djupgående studier av specifika genresponser som uppstår i samband med S. aureus försvar mot syrastress.