Infektio, sairaus, lääkkeet tai ruoka voivat kaikki vaikuttaa tilapäisesti virtsan väriin. Esimerkiksi samea tai maitomainen virtsa, johon yleensä liittyy paha haju, viittaa mahdollisesti virtsatieinfektioon, kiteiden, rasvan, valkosolujen, punasolujen tai liman liialliseen erittymiseen.
Tumma, ruskealta näyttävä mutta kirkas virtsa saattaa olla varoitusmerkki vakavasta maksasairaudesta, kuten hepatiitista tai kirroosista. Jossa ylimääräinen bilirubiini purkautuu virtsan kautta.
Jos virtsa näyttää vaaleanpunaiselta, punaiselta tai vaaleamman ruskealta johtuu yleensä punajuurikkaasta, karhunvatukasta, tietyistä elintarvikeväriaineista, hemolyyttisestä anemiasta, munuaisten vajaatoiminnasta, virtsatietulehduksesta, lääkityksestä, porfyriasta, vatsansisäisestä verenvuodosta, emätinverenvuodosta, kasvaimesta, joka on sijoitettu joko virtsarakkoon tai munuaisten reitteihin.
Jos virtsa näyttää tummankeltaiselta tai oranssin värin kaltaiselta, aiheuttavia tekijöitä voivat olla B-vitamiinia sisältävän ravintolisän, karoteenin, fenatsopyridiinin, rifampisiinin, varfariinin ja laksatiivin äskettäinen käyttö.
Virtsan värin muuttumisen vihreäksi tai siniseksi aiheuttavia tai myötävaikuttaneita tekijöitä ovat elintarvikkeissa ja lääkeaineissa esiintyvät keinotekoiset väriaineet tai bilirubiinilääkkeet, kuten metyleenisininen, sekä virtsatietulehdukset.