Sono apparsi in tutto il paese manifesti con una taglia sulla testa di Stern. Stern vagava da un rifugio all’altro a Tel Aviv, portando una brandina pieghevole in una valigia. Quando era a corto di nascondigli, dormiva nelle scale degli appartamenti. Alla fine si trasferì in un appartamento di Tel Aviv affittato da Moshe e Tova Svorai, che erano membri di Lehi. Moshe Svorai fu catturato da detective britannici che fecero irruzione in un altro appartamento, dove due membri di Lehi furono uccisi e Svorai e un altro ferito furono ricoverati in ospedale. Il “contatto” del Lehi di Stern, Hisia Shapiro, pensò di essere seguita una mattina e smise di portare messaggi. Il 12 febbraio 1942, arrivò con un ultimo messaggio, dall’Haganah, che si offriva di ospitare Stern per tutta la durata della guerra se avesse rinunciato a combattere contro gli inglesi. Stern diede a Shapiro una lettera di risposta in cui rifiutava il rifugio sicuro e suggeriva la cooperazione tra Lehi e l’Haganah nella lotta contro gli inglesi. Un paio d’ore dopo gli investigatori britannici arrivarono per perquisire l’appartamento e scoprirono Stern nascosto lì. Fu la madre di uno dei membri di “Lehi” a condurre inavvertitamente la polizia al nascondiglio di Stern a Tel Aviv. Due vicini furono portati per attestare la correttezza della perquisizione. Dopo che se ne furono andati, anche Tova Svorai fu portata via, così che Stern rimase solo con tre poliziotti armati. Poi, in circostanze ancora oggi contestate, Stern fu colpito a morte.
Il rapporto “segretissimo” fatto dalla polizia al governo obbligatorio britannico dice: “Stern stava … finendo di allacciarsi le scarpe quando improvvisamente saltò verso la finestra di fronte. Era a metà strada fuori dalla finestra quando fu colpito da due dei tre poliziotti nella stanza”. L’assistente sovrintendente Geoffrey J. Morton, il poliziotto più anziano presente, scrisse in seguito nelle sue memorie che aveva temuto che Stern stesse per far esplodere un dispositivo esplosivo, come aveva precedentemente minacciato di fare se catturato.
La versione della polizia fu respinta dai seguaci di Stern e da altri, che credevano che Stern fosse stato colpito a sangue freddo. Morton citò in giudizio con successo quattro editori di libri che sostenevano che avesse ucciso Stern, compreso l’editore inglese di The Revolt, che si accordò senza consultare l’autore, Menachem Begin, che voleva andare in tribunale. Lehi tentò senza successo di assassinare Morton almeno tre volte. Binyamin Gepner, un ex membro di Lehi che nel 1980 intervistò un altro poliziotto Stewart che era stato presente alla morte di Stern, disse che Stewart aveva effettivamente ammesso che Stern era stato assassinato ma in seguito si rifiutò di ripeterlo. Il poliziotto la cui pistola era puntata su Stern fino all’arrivo di Morton, Bernard Stamp, disse in un’intervista del 1986 trasmessa da Israel Radio, che il racconto di Morton era “una sciocchezza”. Secondo Stamp, Morton tirò Stern dal divano su cui era seduto, “lo spinse, lo fece girare e Morton gli sparò”. Stamp è stato citato dicendo che Stern è stato ucciso mentre era disarmato e senza possibilità di fuga.
Tova Svorai ha ricordato in una memoria:
“Verso le 9:30 ci fu un bussare alla porta, un battere troppo leggero per segnalare la presenza della polizia. Yair…andò nell’armadio e solo allora aprii la porta. Sulla porta c’era il ‘buon’ detective Wilkins con due uomini dietro di lui. Wilkins era sempre molto educato, troppo educato forse. Mi chiese perché non ero andata a trovare mio marito Moshe e se non ero preoccupata per lui. Gli ho detto che se fossi andata all’ospedale sarei stata arrestata immediatamente. Hanno perquisito la mia stanza… poi sono scesi al piano di sotto e hanno portato due vicini, donne, per avere dei testimoni… si sono avvicinati all’armadio… uno dei poliziotti lo ha aperto. Yair non si vedeva da nessuna parte. Il poliziotto ha infilato la sua mano sinistra nell’armadio e ha cominciato a cercare, e quando la sua mano ha trovato Yair lo ha tirato fuori. Allo stesso tempo, mise la mano destra nella tasca posteriore ed estrasse la sua pistola. Sono corso tra lui e Yair e ho detto: “Non sparare! Se spari, spari a me”…. nella mia innocenza pensavo di aver salvato la vita di Yair… quanto mi sbagliavo. L’hanno fatto sedere sul divano…sono apparsi altri detective, avevano delle manette e le hanno usate per legare le mani di Yair dietro la schiena….mi hanno detto di vestirmi e di andare al piano di sotto…sono salito su una piccola macchina…improvvisamente ho sentito tre spari”.
Il figlio Yair, nato pochi mesi dopo l’uccisione di Stern, è un giornalista veterano e conduttore di notiziari televisivi che un tempo dirigeva la Israel Television. Suo nipote Shay, ha anche servito come personalità dei media e presentatore in Israele.