W całym kraju pojawiły się plakaty poszukiwanych z ceną za głowę Sterna. Stern wędrował od kryjówki do kryjówki w Tel Awiwie, nosząc w walizce składane łóżeczko. Gdy zabrakło mu kryjówek, spał na klatkach schodowych kamienic. W końcu zamieszkał w mieszkaniu wynajmowanym przez Mosze i Tovę Svorai, członków Lehi. Moshe Svorai został złapany przez brytyjskich detektywów, którzy zrobili nalot na inne mieszkanie, gdzie dwóch członków Lehi zostało zastrzelonych, a Svorai i jeden inny ranny trafili do szpitala. Kontakt” Sterna z Lehi, Hisia Shapiro, pomyślała, że pewnego ranka była śledzona i przestała przynosić wiadomości. 12 lutego 1942 roku przyszła z ostatnią wiadomością, od Haganah, oferując Sternowi mieszkanie na czas wojny, jeśli zrezygnuje z walki z Brytyjczykami. Stern dał Shapiro w odpowiedzi list, w którym odmówił bezpiecznego schronienia i zaproponował współpracę między Lehi i Haganah w walce z Brytyjczykami. Kilka godzin później brytyjscy detektywi przybyli, by przeszukać mieszkanie i odkryli ukrywającego się w nim Sterna. To właśnie matka jednego z członków „Lehi” nieumyślnie doprowadziła policję do kryjówki Sterna w Tel Awiwie. Dwóch sąsiadów zostało sprowadzonych, aby potwierdzić prawidłowość przeszukania. Po ich odejściu zabrano również Tovę Svorai, tak że Stern został sam z trzema uzbrojonymi policjantami. Następnie, w okolicznościach, które do dziś pozostają sporne, Stern został zastrzelony.
W „najtajniejszym” raporcie sporządzonym przez policję dla brytyjskiego rządu obowiązkowego napisano: „Stern był … właśnie kończył sznurować buty, kiedy nagle skoczył do okna naprzeciwko. Był w połowie drogi przez okno, kiedy został zastrzelony przez dwóch z trzech policjantów znajdujących się w pokoju.” Asystent nadinspektora Geoffrey J. Morton, najstarszy obecny policjant, napisał później w swoich wspomnieniach, że obawiał się, że Stern miał zamiar zdetonować ładunek wybuchowy, jak wcześniej groził, że to zrobi, jeśli zostanie schwytany.
Wersja policji została odrzucona przez zwolenników Sterna i innych, którzy uważali, że Stern został zastrzelony z zimną krwią. Morton z powodzeniem pozwał czterech wydawców książek, którzy twierdzili, że zamordował Sterna, w tym angielskiego wydawcę The Revolt, który zawarł ugodę bez konsultacji z autorem, Menachemem Beginem, który chciał iść do sądu. Lehi próbowało bezskutecznie zamordować Mortona co najmniej trzy razy. Binyamin Gepner, były członek Lehi, który w 1980 roku przeprowadził wywiad z innym policjantem Stewartem, który był obecny przy śmierci Sterna, powiedział, że Stewart skutecznie przyznał, że Stern został zamordowany, ale później odmówił powtórzenia tego. Policjant, którego broń była wycelowana w Sterna do czasu przybycia Mortona, Bernard Stamp, powiedział w wywiadzie nadanym w 1986 roku w Israel Radio, że relacja Mortona to „bzdura”. Według Stampa, Morton ściągnął Sterna z kanapy, na której siedział, „jakby go popchnął, zakręcił nim i Morton go zastrzelił.” Stamp został zacytowany mówiąc, że Stern został zabity będąc nieuzbrojonym, bez szans na ucieczkę.
Tova Svorai wspominała we wspomnieniu:
„Około 9:30 rozległo się pukanie do drzwi, zbyt delikatne stukanie, by zasygnalizować obecność policji. Yair… wszedł do szafy, a ja dopiero wtedy otworzyłam drzwi. W drzwiach stał „dobry” detektyw Wilkins z dwoma mężczyznami za nim. Wilkins był zawsze bardzo grzeczny, może nawet zbyt grzeczny. Zapytał mnie, dlaczego nie poszłam odwiedzić mojego męża Mosze i czy się o niego nie martwię. Powiedziałam mu, że gdybym poszła do szpitala, zostałabym natychmiast aresztowana. Przeszukali mój pokój… potem zeszli na dół i przyprowadzili dwie sąsiadki, kobiety, żeby mieć świadków… podeszli do szafy… jeden z policjantów otworzył ją. Yair’a nigdzie nie było widać. Policjant włożył lewą rękę do szafy i zaczął szukać, a kiedy natrafił na Yaira, wyciągnął go. W tym samym czasie włożył prawą rękę do tylnej kieszeni i wyjął pistolet. Wbiegłam między niego a Yaira i powiedziałam: „Nie strzelaj! Jeśli strzelisz, to zastrzelisz mnie”. …. W swojej niewinności myślałem, że uratowałem życie Yairowi… jakże się myliłem. Kazali mu usiąść na kanapie…pojawiło się więcej detektywów, mieli kajdanki i użyli ich do związania rąk Yaira za plecami…. kazali mi się ubrać i zejść na dół…wsiadłem do małego samochodu…nagle usłyszałem trzy strzały.”
Jego syn, Yair, urodzony kilka miesięcy po zabójstwie Sterna, jest weteranem dziennikarstwa radiowo-telewizyjnego i prezenterem wiadomości telewizyjnych, który kiedyś kierował Israel Television. Jego wnuk Shay, również służył jako osobowość medialna i prezenter w Izraelu.
.